Peruwiańscy Indianie ubrani są w hiszpańskie stroje z XIX wieku. Akcja filmu zaś toczy się w wieku XVI.
W pewnym momencie Indianie śpiewają i grają pieśń "Valicha". Pochodzi ona z XX wieku.
Jeden z ważniejszych bohaterów filmu, Gonzalo Pizarro, tak naprawdę zmarł w 1548 roku - 12 lat przed czasem akcji filmu.
Cały film kręcony był w Peru - w Cuzco, w okolicach rzek Huallage i Nanay (i oczywiście na nich) oraz w dolinie Urubamba.
Podczas kręcenia jednej ze scen w wiosce, Klaus Kinski uderzył jednego z członków ekipy szablą w głowę, niemalże zabijając go. Mężczyznę uratował hełm.
"Aguirre, gniew boży" był kręcony kamerą, którą Werner Herzog ukradł ze swojej szkoły filmowej.
W czasie kręcenia doszło do dziwnej sytuacji. Klaus Kinski w czasie jednego ze swych napadów gniewu (zdarzały mu się często) zagroził, że opuszcza plan filmowy. Werner Herzog groził mu pistoletem, następnie przyłożył sobie lufę do głowy i straszył samobójstwem w razie ucieczki aktora. Ostatecznie film skończono, ale Herzog przyznał, iż rzeczywiście był bliski targnięcia sie na swoje życie.
Klaus Kinski przyznał, że w czasie kręcenia finałowej sceny został pogryziony przez kilka małp.
To pierwszy film Kinskiego i Herzoga - początek trwającej 15 lat, burzliwej ale i wspaniałej współpracy artystycznej.
Herzog zdradził, że scenariusz filmu napisał w ciągu dwóch i pół dnia.
Pod koniec zdjęć Herzog przeraził się, że stracił wszystkie taśmy, jakie nakręcił - wysyłał je bowiem do "cywilizacji", dostając pokwitowania, a taśmy nie dochodziły! Dopiero później okazało się, że firma przewozowa wystawiała na nie faktury, ale ich jednak nie dowoziła do celu. Kilka tygodni trwało wyjaśnianie całej sprawy.
Cała ekipa filmowa, nie licząc aktorów, składała się tylko z ośmiu osób.
Budżet filmu wyniósł 370 tys. dolarów. 1/3 tej sumy przeznaczona została na wynagrodzenie Kinski'ego.
Film kręcono od 31 grudnia 1971 do 24 lutego 1972 roku.